Antes de la derrota de los Chimús por el Inca Pachacútec, es muy probable que ya existieran pobladores en la zona donde hoy existe Huanchaco.

Como parte de las funciones que hacían los residentes de la Ciudad de Chan Chan, los habitantes de Huanchaco eran los hombres hábiles para las actividades marítimas y, gracias a su extraordinaria resistencia, fueran también los hombres de avanzada en las batallas.

Luego de derrotados los Chimús, éstos fueron sacados de sus tierras por haber costado tanto sacrificio a los Incas, por lo que los huanchaqueros también tuvieron que alejarse.

Huanchaco fue utilizado como lugar de aprovisionamiento en la época de la conquista española y, en 1535, luego de la fundación de Trujillo, los indios de los pueblos de Mansiche, Moche y otros del Valle Chicama y del puerto de Huanchaco, fueron cedidos en encomienda al capitán don Diego de Mora.

Según los cronistas de la conquista, el 3 de febrero de 1537 desembarcó en las playas de Huankarute (Huanchaco), la imagen de la Virgen del Socorro, regalo del Emperador Carlos V.

Un hecho importante sucedió en 1539, cuando se construyó la Iglesia en la base del antiquísimo Templete o Huaca del Pez de Oro, ídolo que adoraban los indios huanchaqueros primitivos; también lo fue la construcción del cementerio por los padres franciscanos donde están enterrados los antiguos huanchaqueros y familias españolas de la conquista y la colonia.

Huanchaco siempre ha sido un puerto muy importante para la economía trujillana, llegando a ser una de las principales puertas de salida de producción del Valle de Chicama y se consolidó al edificarse a inicios del sigo pasado un muelle para embarcar azúcar por la línea férrea que lo unía con Tres Palos (anulada cerca de los años 50 durante la crisis del azúcar).

Los huanchaqueros actuales mantienen viva una tradición desde hace más de 1000 años; son los caballitos de totora, que miden de 3 a 4 metros y son de gran ayuda para la pesca.